จากปลายปี 2546 ต่อเนื่องมาถึงต้นปี 2549 ความไม่สงบในพื้นที่ 4 จังหวัดภาคใต้คือปัตตานียะลา นราธิวาส และบางพื้นที่ในจังหวัดสงขลา ยังคงรุนแรงและคุกรุ่นอยู่ตลอดเวลา แม้รัฐบาลจะประกาศปรับแผนรับมือกับสถานการณ์ไฟใต้เป็นระยะๆก็ตาม ดูเหมือนว่าความไม่สงบในพื้นที่ชายแดนภาคใต้ได้หยั่งรากลึกจนน่าหวั่นวิตก ปี 2548 รัฐบาลเลือกเดินสองแนวทางในการแก้ปัญหานี้ คือการแต่งตั้งคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ และการประกาศพระราชกำหนดสถานการณ์ฉุกเฉิน และทั้งสองแนวทางยังไม่อาจหยุดยั้งเปลวไฟที่ยังคงลุกโชนในภาคใต้ได้
ปัญหาความไม่สงบที่เกิดขึ้นในพื้นที่ชายแดนภาคใต้ก้าวเข้าสู่ปีที่ 3 โดยยังไม่มีวี่แววว่าจะยุติลงเมื่อใด ขณะที่ตัวเลขผู้เสียชีวิตและบาดเจ็บเพิ่มสูงขึ้นเรื่อยๆ และแม้ว่าผลการสำรวจความคิดเห็นของประชาชนของสำนักวิจัยเอแบคโพลมหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ ในช่วงต้นปี 2548 จะระบุว่า การแก้ไขปัญหาความไม่สงบใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ คือของขวัญที่ประชาชนอยากได้จากรัฐบาลมากที่สุดแต่เมื่อเวลาล่วงเลยมาจนถึงสิ้นปี ความสุขสงบก็ยังคงไม่เกิดขึ้นในพื้นที่ชายแดนภาคใต้
ผลจากการเข้าพบนายกรัฐมนตรีเมื่อปลายปี 2547 ของบรรดานักวิชาการ นำมาซึ่งคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการอิสระเพื่อความสมานฉันท์แห่งชาติ (กอส.) เมื่อวันที่ 28 มีนาคม 2548 โดยมีนายอานันท์ ปันยารชุน อดีตนายกรัฐมนตรี เป็นประธาน และ นายแพทย์ประเวศ วะสี เป็นรองประธาน มีกรรมการที่มาจากทุกภาคส่วนของสังคมรวม 48 คน ขณะเดียวกันมีคำให้สัมภาษณ์ของนายกรัฐมนตรี ที่ระบุว่าได้คิดทบทวนดูแล้วโดยจะต้องลดท่าทีของการปราบปราม และหันมายึดกฎหมายเป็นหลักมากกว่าการปราบปรามในเชิงของทหาร รวมทั้งมีการประกาศมติคณะรัฐมนตรีเยียวยาผู้ได้รับผลกระทบจากการปราบปรามผู้ชุมนุมที่ อ.ตากใบ จ.นราธิวาส เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม 2547 อย่างเป็นรูปธรรมในวงเงิน 30 ล้านบาททำให้หลายฝ่ายเชื่อว่าสถานการณ์ไฟใต้มีแนวโน้มที่ดีขึ้น และรัฐบาลกำลังก้าวเดินไปในทิศทางที่สร้างสรรค์
แต่ 6 วันต่อมาคือเมื่อวันที่ 3 เมษายน 2548 ยังไม่ทันที่ กอส. จะเริ่มต้นนับหนึ่งในการปฏิบัติหน้าที่ เสียงระเบิดที่ดังขึ้นในเวลาไล่เรี่ยกันรวม 3 จุดในพื้นที่ อ.หาดใหญ่ จ.สงขลา คือสนามบิน โรงแรม และห้างสรรพสินค้า ส่งผลให้มีผู้เสียชีวิต 1 คน บาดเจ็บ 73 คน ทำให้อุณหภูมิของความรุนแรงในพื้นที่ภาคใต้พุ่งสูงขึ้นอีกครั้งถึงขั้นที่รัฐบาลสหรัฐอเมริกาและออสเตรเลียออกประกาศเตือนให้ประชาชนในประเทศของตนหลีกเลี่ยงการเดินทางมายังพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ของประเทศไทย หลังจากเหตุการณ์ครั้งนั้นไม่นาน รัฐบาลได้สั่งปรับโครงสร้างองค์กรใหม่เพื่อแก้ปัญหาในพื้นที่ภาคใต้ให้กระชับและฉับไวมากยิ่งขึ้น โดยให้ พล.ท.ขวัญชาติ กล้าหาญ แม่ทัพภาคที่ 4 ควบเก้าอี้ผู้อำนวยการเสริมสร้างสันติสุขจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ผอ.สสส.จชต.) ไปพร้อมกัน
ผลจากการระเบิดที่หาดใหญ่ ยิ่งทำให้ภาวะเศรษฐกิจในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนใต้ดำดิ่งอยู่ในภาวะซบเซาจนแทบไร้อนาคต โดยเฉพาะด้านการท่องเที่ยวที่หดหายและโรงแรมที่ถูกยกเลิกการจอง ธนาคารแห่งประเทศไทยสรุปสถานการณ์ในระยะไตรมาสแรกของปี 2548 ว่าเศรษฐกิจภาคใต้ชะลอตัวลงอย่างต่อเนื่องในทุกด้าน
หลังจากวินาศกรรมที่หาดใหญ่เป็นต้นมา กอส.ก็เริ่มลงพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยมีเป้าหมายเพื่อพบปะกับพี่น้องชาวมุสลิมซึ่งส่วนใหญ่ได้รับผลกระทบจากความไม่สงบในเหตุการณ์ก่อการร้าย และร่วมรับฟังปัญหาและความรู้สึกนึกคิดของชาวบ้าน ทำให้ได้รับทราบว่าชาวบ้านรู้สึกว่าเจ้าหน้าที่รัฐมีความน่ากลัวไม่แพ้โจรใต้ และเชื่อว่าครึ่งหนึ่งของเหตุการณ์รุนแรงไม่ทราบว่ามาจากน้ำมือของใคร
ข้อเรียกร้องจาก กอส. ขณะนั้นคือขอให้เปิดเผยผลสอบเหตุการณ์วิปโยคทั้งที่กรือเซะและตากใบ เพื่อสร้างความมั่นใจให้พี่น้องชาวมุสลิมมิให้เกิดความหวาดระแวงและหวาดกลัวเจ้าหน้าที่รัฐ และรัฐต้องยอมรับความผิดพลาดที่เกิดขึ้นเสียก่อนและพร้อมที่จะแก้ไขความผิดพลาดนั้นๆ ซึ่งได้รับการตอบสนองจากรัฐบาลเป็นอย่างดี แต่ยังไม่พิจารณาข้อเสนอการยกฟ้องผู้ต้องหากรณีชุมนุมที่หน้าสถานีตำรวจตากใบจำนวน 58 คน ส่วนการขอให้ยกเลิกกฎอัยการศึกนั้น ได้รับแรงต่อต้านจากทหารว่า ทหารใช้กฎอัยการศึกเพียงบางส่วนเท่านั้น จึงทำให้การประกาศใช้กฎอัยการศึกในพื้นที่ภาคใต้ยังดำรงอยู่ต่อไป
ต่อมาแรงตอบโต้ต่อการทำงานของ กอส. ได้เพิ่มความร้อนระอุมากยิ่งขึ้น โดยเฉพาะจากรายการวิทยุบางรายการซึ่งเป็นของหน่วยงานรัฐได้ก่อกระแสชาตินิยมไทยต่อคนมุสลิมในภาคใต้ซึ่งสวนทางกับแนวทางที่ กอส. ต้องการเรียกร้องความเข้าใจจากคนในชาติให้ยอมรับในความแตกต่างทางศาสนาและวัฒนธรรม จนในที่สุดหลังการประชุมกอส.เมื่อวันที่ 6 มิถุนายน 2548 นายสุริชัย หวันแก้ว กรรมการคนสำคัญของ กอส. ก็ออกมาแถลงว่า นายกรัฐมนตรีต้องตัดสินใจเด็ดขาด จัดการใครก็ตามที่คัดค้านหรือละเลยความพยายามนำภาคใต้สู่ความสงบโดยสันติวิธี ไม่ว่าจะเป็นนักการเมือง รัฐมนตรี เจ้าหน้าที่ของรัฐ หรือสื่อมวลชน
