เหตุการณ์รัฐประหาร 19 กันยายน 2549 ไม่เพียงทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงทางการเมืองเท่านั้น แต่ยังส่งผลกระทบอย่างมีนัยสำคัญต่อสถานการณ์ความรุนแรงใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ของประเทศไทยด้วย โดยเฉพาะการกล่าวคำขอโทษต่อพี่น้องในภาคใต้ของนายกรัฐมนตรี พลเอกสุรยุทธ์ จุลานนท์ ตามมาด้วยการปรับโครงสร้างหน่วยงานด้านความมั่นคง และการรื้อฟื้นศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) แต่ผลการเปลี่ยนแนวนโยบายโดยหันมาใช้การเมืองนำการทหาร พร้อมกับท่าทีประนีประนอมมากขึ้นของรัฐบาล กลับไม่ช่วยให้สถานการณ์กระเตื้องขึ้นแม้แต่น้อย เพราะสถานการณ์ความรุนแรงยังคงระอุหนักหลังรัฐประหาร
ช่วงต้นปี 2549 ขณะที่พระราชกำหนดสถานการณ์การบริหารราชการในสถานการณ์ฉุกเฉิน ที่เริ่มมีผลบังคับใช้ตั้งแต่ 16 กรกฎาคม 2548 ยังคงถูกต่ออายุออกไปเรื่อยๆ สถานการณ์ความรุนแรงในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ของไทยถูกสะท้อนผ่านข้อเขียนของสื่อมวลชนต่างประเทศ 2 ฉบับคือ เดอะการ์เดียนของอังกฤษและเดอะสแตนดาร์ดของฮ่องกงว่าตกอยู่ในสภาวะที่เรียกว่า “อาณาจักรแห่งความกลัว” เพราะทุกคนในพื้นที่ต่างก็ไม่มีใครรู้ว่า ใครจะล้มตายเป็นรายต่อไป เพราะยิ่งรัฐบาลใช้แนวทางการปราบปรามอย่างแข็งกร้าวมากยิ่งขึ้น และขาดความละเอียดอ่อนมากขึ้นเท่าใด สถานการณ์ความรุนแรงก็ยิ่งลุกลามมากขึ้นเท่านั้น
ขณะที่พันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร นายกรัฐมนตรีในขณะนั้น ซึ่งกำลังเผชิญกับการประท้วงอย่างรุนแรงจากกลุ่มพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย ก็ยังคงใช้การปรับเปลี่ยนผู้รับผิดชอบสถานการณ์ทางภาคใต้ จากรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทย เป็นรัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม จนถึงผู้บัญชาการทหารบก แต่ก็ไม่ช่วยให้สถานการณ์ดีขึ้น เพราะยังคงมีการฆ่ารายวันเกิดขึ้นอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งการวางระเบิดธนาคารพาณิชย์พร้อมกัน 22 แห่งใน 5 อำเภอของจังหวัดยะลา เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม 2549 จนมีผู้เสียชีวิตและบาดเจ็บจำนวนไม่น้อย กระทั่งธนาคารแห่งประเทศไทยต้องออกคำสั่งด่วนให้ธนาคารทุกแห่งในยะลา ปิดให้บริการเพื่อความปลอดภัยของพนักงานและผู้ใช้บริการ
แน่นอนที่สุดว่าเหตุวางระเบิดธนาคารครั้งนั้น ส่งผลให้เศรษฐกิจในพื้นที่ซึ่งซบเซาอยู่แล้วยิ่งทรุดลงมากกว่าเดิม แต่พ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตร ในฐานะนายกรัฐมนตรี กลับแสดงท่าที “ลอยตัว” ต่อความรุนแรงที่เกิดขึ้น โดยกล่าวว่าได้มอบหมายให้ผู้บัญชาการทหารบกรับผิดชอบอย่างเต็มที่ไปแล้ว ทำให้พลเอกสนธิ บุญยรัตกลิน ผู้บัญชาการทหารบก ซึ่งได้รับมอบหมายให้เป็นผู้รับผิดชอบภาคใต้รายล่าสุดกล่าวว่า “อยากให้พื้นที่ 3 จังหวัดปลอดจากการเมืองอย่างแท้จริง แล้วปล่อยให้ทหารทำหน้าที่อย่างเต็มที่ เพราะไม่เช่นนั้นอะไรต่างๆ จะมาทับถมอยู่ที่ผู้ปฏิบัติทั้งหมด”
คำพูดดังกล่าวกลายเป็นภาพสะท้อนถึงการแก้ปัญหาความรุนแรงในภาคใต้ได้เป็นอย่างดีว่า เต็มไปด้วยปัญหาและขาดเอกภาพ ไม่เพียงเท่านั้น ค่ำวันที่ 16 กันยายน 2549 ความพังพินาศทางเศรษฐกิจและความสูญเสียครั้งสำคัญก็กลับมาเยือนอำเภอหาดใหญ่ จังหวัดสงขลาอีกครั้ง เมื่อเกิดเหตุการณ์วางระเบิดย่านศูนย์การค้ากลางเมืองซึ่งถือว่าเป็นหัวใจทางเศรษฐกิจของจังหวัดสงขลาและภาคใต้ตอนล่างรวม 7 จุด ทำให้มีผู้เสียชีวิตซึ่งมีชาวต่างชาติรวมอยู่ด้วย 4 รายและบาดเจ็บ 59 ราย
บรรดานักธุรกิจในพื้นที่ซึ่งถูกขับเคลื่อนด้วยการท่องเที่ยวเป็นหลักสรุปตรงกันว่า “ธุรกิจรอวันเจ๊ง” เพราะเพิ่งฟื้นตัวจากเหตุลอบวางระเบิดสนามบินหาดใหญ่ที่เกิดขึ้นเมื่อปีที่ผ่านมา เหตุระเบิดกลางเมืองหาดใหญ่ครั้งนี้จึงส่งผลสะเทือนไปทั่วประเทศว่า รัฐบาลล้มเหลวในการแก้ปัญหาความไม่สงบในพื้นที่ชายแดนภาคใต้อย่างชัดเจนที่สุด และถือเป็นเหตุรุนแรงครั้งสุดท้ายที่เกิดขึ้นในสมัยรัฐบาลพ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตร
ผลจากความไม่ไว้วางใจในสถานการณ์ความรุนแรงที่เกิดขึ้น ทำให้หนังสือพิมพ์เดอะสตาร์ของมาเลเซียเสนอบทความว่า ปัจจุบันนักท่องเที่ยวจากมาเลเซียไม่กล้าข้ามมาเที่ยวสถานบริการในไทย ส่งผลให้นายทุนธุรกิจค้าบริการทางเพศนำผู้หญิงไทยไปขายบริการที่เมืองตัมปัตในรัฐกลันตัน ซึ่งอยู่ไม่ห่างจากอำเภอสุไหงโกลก จังหวัดนราธิวาส เป็นเหตุให้คนมาเลเซียเรียกเมืองตัมปัตว่า “มินิไทยแลนด์”
ดร. ศรีสมภพ จิตรภิรมย์ศรี จากคณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี ซึ่งเก็บข้อมูลความรุนแรงในจังหวัดชายแดนภาคใต้มาอย่างต่อเนื่องได้สรุปภาพรวมของเหตุรุนแรงที่เกิดขึ้นในช่วง 8 เดือนแรกของปี 2549 ว่า สถานการณ์โน้มเอียงไปในทิศทางของความรุนแรงและสลับซับซ้อนมากยิ่งขึ้นกว่าเดิม
ความรุนแรงใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ยังคง “เขย่าขวัญ” คนไทยทั้งประเทศอย่างต่อเนื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งเหตุร้ายที่เกิดขึ้นในช่วงบ่ายของวันที่ 19 พฤษภาคม 2549 ทำให้ “ครู” ตกเป็นเหยื่อของความรุนแรงอย่างเต็มรูปแบบเมื่อเจ้าหน้าที่ทหาร ตำรวจ และเจ้าหน้าที่ฝ่ายปกครองกว่า 100 นาย เข้าตรวจค้นเป้าหมาย 10 จุดในพื้นที่หมู่ 4 ตำบลเฉลิม อำเภอระแงะ จังหวัดนราธิวาส พร้อมจับกุมตัว 2 ผู้ต้องหาในคดีก่อความไม่สงบ ทำให้ชาวบ้านกลุ่มใหญ่กว่า 300 คน ตอบโต้ทันทีด้วยการบุกเข้าจับตัว น.ส. จูหลิง ปงกันมูล และน.ส. สินีนาฏ ถาวรสุข ซึ่งเป็นครูจากโรงเรียนบ้านกูจิงลือปะในหมู่บ้านเดียวกันเป็นตัวประกันเพื่อแลกกับการปล่อยตัว 2 ผู้ต้องหาที่ถูกจับกุมในช่วงเช้า
