นอกจากสถานการณ์การฟ้องร้องคดีอาญาต่อแพทย์ จะทวีความรุนแรงขึ้นเป็นลำดับแล้ว ในรอบปี 2549 ต่อเนื่องถึงปี 2550 ‘แพทยสภา’ สภาวิชาชีพสำคัญที่สุดของแพทย์ในเมืองไทย ได้มีการเคลื่อนไหวออกประกาศแพทยสภา เรื่องข้อเท็จจริงทางการแพทย์ และการแก้ไขข้อบังคับแพทยสภา ปี 2525 ประกาศใช้ในราชกิจจานุเบกษาเมื่อปลายปี 2549 ที่ถือเป็นกฎหมายที่แพทย์ทุกคนต้องปฏิบัติตาม ถือเป็นการโยนเผือกร้อน และกระตุกให้สังคมไทยต้องหันกลับมาพิจารณาความสัมพันธ์ระหว่างคนไข้กับหมออย่างจริงจังอีกครั้งหนึ่ง
‘แพทยสภา’ ได้ออกประกาศแพทยสภา ที่ 46/2549 เรื่อง ข้อเท็จจริงทางการแพทย์ ลงนามโดยนายแพทย์สมศักดิ์ โล่ห์เลขา นายกแพทยสภา มีเนื้อหาใจความระบุว่า
‘เพื่อให้การดำเนินการทางการแพทย์เป็นไปอย่างเหมาะสม อาศัยอำนาจตามความในมาตรา 21(3)แห่งพระราชบัญญัติวิชาชีพเวชกรรม พ.ศ. 2525 คณะกรรมการแพทยสภา ในการประชุมครั้งที่ 11/2549 วันที่ 9 พฤศจิกายน 2549 จึงมีมติให้ออกประกาศแพทยสภา เรื่องข้อเท็จจริงทางการแพทย์ ดังต่อไปนี้
ข้อ 1 ‘การแพทย์’ ในที่นี้ หมายถึง การแพทย์แผนปัจจุบันซึ่งคือการแพทย์ที่ได้รับการพิสูจน์แล้วทางวิทยาศาสตร์ว่ามีประโยชน์
ข้อ 2 การแพทย์ยังไม่สามารถให้การวินิจฉัย ป้องกัน และ/หรือบำบัดให้หายได้ทุกโรคหรือทุกสภาวะ บางครั้งอาจทำได้เพียงบรรเทาอาการหรือประคับประคอง เท่านั้น ยิ่งกว่านั้น บางโรคยังมิอาจให้การวินิจฉัยได้ในระยะเริ่มแรก
ข้อ 3 ในกระบวนการดำเนินการทางการแพทย์ อาจเกิดสภาวะอันไม่พึงประสงค์ได้ แม้ผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรมจะใช้ความระมัดระวังอย่างเพียงพอแล้วก็ตาม ซึ่งถือว่าเป็นเหตุสุดวิสัย
ข้อ 4 ผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรมย่อมใช้ดุลยพินิจในการเลือกกระบวนการดำเนินการทางการแพทย์ รวมทั้งการปรึกษาหรือส่งต่อโดยคำนึงถึงสิทธิและประโยชน์โดยรวมของผู้ป่วย
ข้อ 5 เพื่อประโยชน์ต่อตัวผู้ป่วยเอง ผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรมอาจปฏิเสธการรักษาผู้ป่วยที่ไม่อยู่ในสภาวะฉุกเฉิน อันจำเป็นเร่งด่วนและเป็นอันตรายต่อชีวิต โดยต้องให้คำแนะนำหรือส่งต่อผู้ป่วยตามความเหมาะสม
ข้อ 6 ผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรมที่ปฏิบัติหน้าที่ตามมาตรฐานและจริยธรรมวิชาชีพย่อมมีสิทธิและได้รับความคุ้มครองที่จะไม่ถูกกล่าวหาโดยไม่เป็นธรรม
ข้อ 7 ภาระงาน ข้อจำกัดของสถานพยาบาล ความพร้อมทางร่างกาย จิตใจและสภาพแวดล้อมของผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรม ย่อมมีผลต่อประสิทธิภาพและประสิทธิผลในการดำเนินการทางการแพทย์
ข้อ 8 การปกปิดข้อมูลด้านสุขภาพและข้อเท็จจริงต่างๆทางการแพทย์ของผู้ป่วยต่อผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรมที่ทำการวินิจฉัยและรักษา ย่อมมีผลเสียต่อการวินิจฉัยและการรักษา
ข้อ 9 การไม่ปฏิบัติตัวตามคำแนะนำของผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรม หรือบุคลากรทางการแพทย์ ย่อมมีผลเสียต่อการรักษาและการพยากรณ์โรค
แม้ประกาศแพทยสภา ฉบับนี้ จะมีการปรับแก้ข้อความจาก (ร่าง)ประกาศข้อเท็จจริงเมื่อปี 2548 อยู่บ้าง โดยปรับลดจาก 10 ข้อ เหลือเพียง 9 ข้อ แต่ก็ยังมีประเด็นที่เป็นข้อถกเถียงและถูกวิพากษ์วิจารณ์จากสังคม ที่รุนแรงที่สุด เห็นจะเป็น ประกาศข้อ 5 ที่ระบุว่า
โดยเนื้อความสำคัญ ที่มีการวิพากษ์วิจารณ์กันอย่างกว้างขวาง ก็คือ ข้อ 5 ในประกาศฉบับดังกล่าวเป็นการเปิดช่องให้แพทย์สามารถปฏิเสธการรักษาผู้ป่วยที่ไม่อยู่ในสภาวะฉุกเฉินอันจำเป็นเร่งด่วน และเป็นอันตรายต่อชีวิตได้
หลังประกาศฉบับดังกล่าวถูกเผยแพร่ต่อสาธารณชน ปฏิกิริยาจากฝ่ายต่างๆในสังคมได้ออกมาเคลื่อนไหวกันอย่างคึกคัก มีการมองกันว่าประกาศแพทยสภาฉบับนี้ ออกมาเพื่อคุ้มครอง ‘หมอ’ไม่ให้ถูกฟ้องดำเนินคดีจากการรักษาคนไข้
ดังเห็นได้จากจำนวนตัวเลขของเรื่องร้องเรียนจากประชาชน ที่เข้าสู่การพิจารณาของแพทยสภาระหว่างพ.ศ. 2531 – 2549 (ดูแผนภูมิ) ต้องยอมรับว่ามีแนวโน้มสูงขึ้นตลอด โดยจำนวนเรื่องที่พุ่งทะลุหลัก 200 เริ่มตั้งแต่พ.ศ. 2543 โดยปี 2548 มีเรื่องเข้าสู่การพิจารณาสูงสุดถึงเกือบ 300 เรื่อง ซึ่งก็เป็นปีแรกเริ่มที่แพทยสภาพิจารณาที่จะประกาศข้อเท็จจริงทางการแพทย์ ขณะที่สถิติคดีฟ้องร้องเอาผิดทางอาญาต่อแพทย์ก็ทวีจำนวนเพิ่มมากขึ้นเป็นลำดับด้วยเช่นกัน
นายแพทย์พินิจ กุลละวณิชย์ เลขาธิการแพทยสภา ให้สัมภาษณ์ว่า หากมองอย่างเป็นธรรม จะเห็นว่า การออกประกาศดังกล่าว เป็นไปเพื่อคุ้มครองความปลอดภัยของผู้ป่วยมากกว่าที่จะคุ้มครองหมอ เพราะบางครั้งแพทย์ไม่สามารถที่จะให้การตรวจรักษาได้ทุกโรคหากไม่ใช่ผู้เชี่ยวชาญเฉพาะโรคนั้นๆ